Trước tình hình dịch Covid-19 ở nước ta bước đầu được kiểm soát, theo kịch bản của UBND Thành phố Hà Nội, để chuẩn bị đón học sinh trở lại trường, chiều ngày 8/5/2020 toàn trường tiến hành phun khử khuẩn toàn bộ khuôn viên trường.
Sáng ngày 9/5/2020, toàn thể cán bộ giáo viên nhân viên trường Tiểu học Nông Nghiệp tiến hành lau dọn, tổng vệ sinh trường lớp. Sau một thời gian lao động tích cực, khẩn trương các lớp học, hành lang, nhà xe, phòng làm việc, phòng chức năng, khu vực sân trường đã được tập thể cán bộ, giáo viên, nhân viên trong trường lau dọn sạch sẽ chuẩn bị điều kiện tốt nhất để đón học sinh quay trở lại trường học. Nhà trường cũng đã bố trí phân luồng khi đón các con vào học tránh ùn tắc giao thông và chuẩn bị dung dịch khử khuẩn cho mỗi lớp học.